Το πρώτο κοινό σχολείο, που ονομαζόταν “Σχολείον των Γραικών”, λειτούργησε πριν η ελληνική παροικία οργανωθεί σε κοινότητα. Μετά την οργάνωση της Ελληνικής Κοινότητας Αλεξανδρείας το 1843, στην πόλη λειτουργούσαν δυο κοινοτικά σχολεία, το αλληλοδιδακτικό και το ελληνικό, τα οποία στεγάζονταν επί της οδού Φράνκας. Το 1854 τα κοι νοτικά σχολεία μεταφέρθηκαν στην Τοσιτσαία σχολή, που ανεγέρθηκε με έξοδα του Μιχαήλ Τοσίτσα για να στεγάσει το Δημοτικό σχολείο αρρένων, το Παρθεναγωγείο, τις πρώτες γυμνασιακές τάξεις, Εμπορική σχολή και νυχτερινές σχολές ξένων γλωσσών.
Το 1890 λειτούργησε τετρατάξιο Γυμνάσιο αναγνωρισμένο από την ελληνική κυβέρνηση σαν ίσο με τα γυμνάσια της πατρίδας και πήρε το όνομα Αβερώφειο Γυμνάσιο της Ελληνικής Κοινότητας Αλεξανδρείας προς τιμήν του εθνικού ευεργέτη Γεωργίου Αβέρωφ, ο οποίος προσέφερε μεγάλα ποσά για την οργάνωση της κοινοτικής εκπαίδευσης. Το 1909 μεταστεγάζεται στη Ζερβουδάκειο σχολή στο Σάτμπυ, η οποία χτίστηκε με δαπάνη 15.000 αιγυπτιακών λιρών του Γεωργίου Ζερβουδάκη. Το 1912 – 1913 το σχολείο έγινε πεντατάξιο με την προσθήκη της εβδόμης τάξης του δημοτικού, η οποία έγινε πρώτη γυμνασιακή. Το σχολικό έτος 1916 – 1917 απέκτησε το μεγάλο γήπεδο, ενώ η ίδρυση γυμναστηρίου κατέστησε δυνατή την καθιέρωση το 1920 των σχολικών αγώνων. Τον ίδιο χρόνο ο Νικόλαος Σαλβάγος θεσμοθέτησε τις υποτροφίες σπουδών σε ανώτατες και ανώτερες σχολές για τους απόρους αποφοίτους του Αβερωφείου.
Το 1929 το Αβερώφειο γίνεται εξατάξιο, το 1946 χωρίζεται μετά την τρίτη τάξη σε Κλασικό Τμήμα και Τμήμα Θετικών Επιστημών και το 1948 καθιερώνεται ο θεσμός των πανελληνίων εξετάσεων που διεξάγονται στην Αίγυπτο για να βοηθήσει τους αποφοίτους των ελληνικών γυμνασίων της Αιγύπτου να εισαχθούν και να συνεχίσουν τις σπουδές τους στα αιγυπτιακά πανεπιστήμια. Το 1960 γίνεται μικτό και το 1976 μετονομάζεται σε Αβερώφειο Γυμνάσιο – Λύκειο της Ελληνικής Κοινότητας Αλεξανδρείας. Το 1990 βραβεύθηκε από την Ακαδημία Αθηνών για την προσφορά του στην ελληνική παιδεία.
Το Αβερώφειο διαθέτει χημείο, αυτοτελές θέατρο (Αίθουσα Ιουλίας Σαλβάγου), μουσείο φυσικής ιστορίας και σπουδαία βιβλιοθήκη. Κατά την πολυετή πορεία του αναδείχθηκε σε ένα από τα μεγαλύτερα και αρτιότερα γυμνάσια του Ελληνισμού της διασποράς, όπου πήραν τις βάσεις πολλοί επιστήμονες, πνευματικοί άνθρωποι και προσωπικότητες της τέχνης.