Η Αμφίπολη ιδρύθηκε από τους Αθηναίους, συγκεκριμένα από τον στρατηγό Άγνωνα, το 438 π.Χ. . Η πόλη-κράτος των Αθηνών εκείνη την περίοδο βρίσκεται στη χρυσή εποχή της ανάπτυξής της.
Για την κοινωνική προστασία των φτωχότερων και ακτήμονων τάξεων του αττικού πληθυσμού, αλλά και για την κατοχύρωση της αθηναϊκής κυριαρχίας μέσα στην περιοχή της μεγάλης αθηναϊκής συμμαχίας που είχε σχηματίσει, ίδρυε διάφορες αποικίες και κληρουχίες. Η διαφορά τους είναι ότι, ενώ οι αποικίες οργανώνονταν ως ανεξάρτητες πολιτείες με ιδιαίτερη νομοθεσία κατά τα πρότυπα των παλαιών αποικιών της αρχαϊκής εποχής, οι κληρουχίες είχαν άρρηκτη πολιτική εξάρτηση από το αθηναϊκό κράτος. Οι κληρούχοι διατηρούσαν τα δικαιώματά τους ως Αθηναίοι πολίτες και η περιοχή τους ήταν τμήμα της αθηναϊκής επικράτειας. Τέτοια κληρουχία ήταν η Αμφίπολη, η οποία είχε αττική φρουρά που διοικούνταν από φρούραρχο.
Η περιοχή που ιδρύθηκε η νέα πόλη ήταν γνωστή από τον 6 αι. π.Χ. και ανήκε στους Εδωνίτες της Θράκης και ονομαζόταν «Εννέα Οδοί». Σύμφωνα με τον Ηρόδοτο ο Ξέρξης κατά την εκστρατεία του στην Ελλάδα το 480 π.Χ., καθώς περνούσε τις γέφυρες του Στρυμόνα, έθαψε ζωντανά εννέα νεαρά αγόρια και κορίτσια ως θυσία. Η περιοχή αυτή ήταν ιδιαίτερα σημαντική για την Αθήνα, γιατί έλεγχε την πλούσια ενδοχώρα του πλωτού εκείνη την εποχή ποταμού Στρυμόνα, αλλά και των μεταλλείων χρυσού και ασημιού του όρους Παγγαίου. Πήρε την ονομασία Αμφίπολη, ίσως γιατί ήταν χτισμένη μεταξύ του ποταμού Στρυμόνα και της λίμνης Κερκινίτιδας, η οποία μόλις το 1930 αποξηράνθηκε, γιατί είχε καταντήσει έλος επικίνδυνο για την υγεία των ανθρώπων της περιοχής.
Το πόσο σημαντική πόλη ήταν φαίνεται από το πάθος των Αθηναίων να την ανακαταλάβουν, όταν την έχασαν. Το 424 π.Χ. η πόλη, κατά τη διάρκεια του Πελοποννησιακού πολέμου, έπεσε στα χέρια των Σπαρτιατών, όπως η Θεσσαλία και οι περισσότερες πόλεις της Χαλκιδικής. Ο Αθηναίοι προσπάθησαν να την πάρουν με στρατό που στάλθηκε από τη Θάσο με αρχηγό τον κατοπινό μεγάλο ιστορικό Θουκυδίδη. Λόγω της αποτυχίας ο ιστορικός εξορίστηκε (και από την εξορία άρχισε να γράφει την ιστορία του Πελοποννησιακού πολέμου). Οι Αθηναίοι όμως δεν ξέχασαν την Αμφίπολη και το 423/22 έστειλαν τον Κλέωνα, το νέο ήρωα της αττικής δημοκρατίας, ο οποίος όμως σκοτώθηκε, όπως και ο σπαρτιάτης στρατηγός Βρασίδας, για τον οποίο οι Αμφιπολίτες ίδρυσαν γι’ αυτόν μνημείο στην αγορά τους και του απένειμαν ηρωικές τιμές.
Τελικά οι Σπαρτιάτες την κράτησαν, παρόλο που η Αθήνα την απαιτούσε. Οι απαιτήσεις των Αθηναίων για την επικύρωση των αξιώσεών της πάνω στην πολύ σημαντική πόλη της Αμφίπολης συνεχίστηκε κατά την περίοδο της δεύτερης αττικής συμμαχίας (386 πΧ.-371π.Χ.), αλλά και την περίοδο της θηβαϊκής ηγεμονίας (371π.Χ.-362π.Χ.) χωρίς όμως πάλι αποτέλεσμα.
Με την Αμφίπολη ασχολήθηκε στη συνέχεια ο Φίλιππος Β΄, ο νέος και φιλόδοξος βασιλιάς της Μακεδονίας. Παίρνοντας το θρόνο και, επειδή κινδύνευε το βασίλειο από τους Ιλλυριούς, τους Παίονες και τους Θράκες, για να πάρει με το μέρος του τους Αθηναίους, προβαίνει σε μια θεαματική ενέργεια. Παραιτείται από την Αμφίπολη. Όταν όμως ο Φίλιππος απαλλάχτηκε από τους κινδύνους, κατέλαβε την Αμφίπολη αιφνιδιαστικά το 357 π.Χ. . Έκτοτε η πόλη αποτέλεσε αναπόσπαστο τμήμα της μακεδονικής μοναρχίας καθ’ όλη τη διάρκειά της, όντας ένας σπουδαίος κόμβος στον κάτω ρου του ποταμού Στρυμόνα. Φτιάχτηκε εκεί νομισματοκοπείο και ναυπηγείο. Ήταν σημαντική ναυτική βάση των Μακεδόνων και τα 160 πολεμικά πλοία της εκστρατείας του Μ. Αλέξανδρου ξεκίνησαν από την Αμφίπολη. Γι’ αυτό ο μεγάλος στρατηλάτης σκόπευε να ανεγείρει έναν μεγαλοπρεπή ναό στην πόλη για να την τιμήσει για το παραπάνω γεγονός. Άλλωστε ήταν και ο ίδιος θαυμαστής της, όπως αναφέρει ο Διόδωρος Σικελιώτης.
Αργότερα μάλιστα έποικοι ίδρυσαν πόλη με το όνομα Αμφίπολη, την ελληνιστική περίοδο, με προτροπή του Σέλευκου, στις όχθες του Ευφράτη ποταμού!
Με την πτώση του Μακεδονικού Βασιλείου από τους Ρωμαίους η Αμφίπολη έγινε μέρος της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας. Η πόλη ορίστηκε πρωτεύουσα μίας από τις τέσσερις διοικητικές περιφέρεις στις οποίες χώρισαν οι Ρωμαίοι τη Μακεδονία, τις επονομαζόμενες μερίδες (οι άλλες τρεις ήταν η Θεσσαλονίκη, η Πέλλα και η Πελαγονία). Η μερίδα της στην συνέχεια ενσωματώθηκε στην επαρχία της Θράκης. Από την πόλη διερχόταν η περίφημη Εγνατία οδός.
Μετά τις επιδρομές των Σλάβων στα τέλη του 6ου αιώνα μ.Χ. η Αμφίπολη ερήμωσε σταδιακά για να εγκαταλειφθεί εντελώς τον 8ο αιώνα μ.Χ., όταν οι περισσότεροι κάτοικοι κατέφυγαν στην κοντινή παραθαλάσσια πόλη Ηιώνα, που πλέον είχε μετονομαστεί από τους Βυζαντινούς σε Χρυσόπολη.
Πολύ κουβέντα γίνεται αν ο εντυπωσιακός τάφος που ανακαλύφθηκε σε κοντινό λόφο της αρχαίας Αμφίπολης είναι του Μ. Αλέξανδρου. Μετά το θάνατό του, το σώμα του το πήρε ο στρατηγός του, ο Πτολεμαίος και το έφερε στη Μέμφιδα της Αιγύπτου (σημερινό Κάιρο) και, στη συνέχεια, στην Αλεξάνδρεια της Αιγύπτου, όπου τοποθετήθηκε για πρώτη φορά σε ένα τάφο και στη συνέχεια τοποθετείται σε ένα δεύτερο τάφο.
Το σώμα του Αλεξάνδρου στη συνέχεια θα το δουν μία σειρά από γνωστά ονόματα της παγκόσμιας ιστορίας, συμπεριλαμβανομένων του Ιούλιου Καίσαρα και του Οκταβιανού Αυγούστου. Ο Καρακάλλας, ο Ρωμαίος αυτοκράτορας στις αρχές του τρίτου αιώνα μ.Χ., φαίνεται να έχει δει, αν όχι το σώμα του, τον τάφο του σίγουρα το 215 μ.Χ. . Κάπου στα μέσα του 4 αι. μ.Χ. με τις καταστροφές των φανατικών χριστιανών στην Αίγυπτο το σώμα και ο τάφος φαίνεται να έχουν εξαφανιστεί χωρίς ίχνος. Κάποιοι ανέφεραν ότι ο τάφος, έτσι κι αλλιώς, υπήρχε τον 16ο ή τον 17ο αιώνα μ.Χ. !. Από τις αρχές του 19ου αιώνα, υπήρξαν ανακοινώσεις από επτά ευρήματα του τάφου του Αλέξανδρου. Κάθε ένα από αυτά έχει αποδειχθεί ότι ήταν λανθασμένα.
Μία πιθανότητα είναι να είναι της Ρωξάννης και του γιου και διαδόχου του Μ. Αλέξανδρου, Αλέξανδρου Δ΄ , αν και ο τάφος του μικρού διαδόχου βρέθηκε και στην Βεργίνα (αρχαίες Αιγές). Στην Αμφίπολη ζούσαν τα τελευταία χρόνια περιορισμένοι η σύζυγος του μεγάλου στρατηλάτη και ο γιος της και διάδοχος από τον στρατηγό Κάσσανδρο.
Όταν οι στρατηγοί του Μ. Αλέξανδρου υπέγραψαν συνθήκη, ο Κάσσανδρος βρέθηκε σε μειονεκτική θέση. Έπρεπε να κρατήσει την εξουσία της Μακεδονίας μόνο για όσο χρονικό διάστημα χρειαζόταν μέχρι να ενηλικιωθεί ο έφηβος Αλέξανδρος Δ΄. Ο όρος αυτός όμως ήταν η θανατική καταδίκη για τον τελευταίο διάδοχο του οίκου των Αργεαδών. Το 310/09 π.Χ. η Ρωξάννη και ο γιος της δολοφονούνται στην Αμφίπολη κατ’ εντολή του Κάσσανδρου.
Τέλος η Αμφίπολη ήταν η γενέτειρα των ναυάρχων και φίλων του Μ. Αλέξανδρου Νέαρχου, Ανδροσθένη και Λαομέδοντα και θα μπορούσε να είναι μνημείο προς τιμή τους.
